1856, als das sanktgallische Lehrerseminar gegründet wurde, kam der Wendepunkt. Es war nach wie vor eine Abteilung der Kantonsschule St.Gallen, doch erstmals waren beide Konfessionen gleichermassen beteiligt. In den ersten Jahren wurde diese Institution, mit nur einem Schulleiter, zwei Hauptlehrern und einem Hilfslehrer, eher schlecht geführt. Man litt unter anderem unter Platzmangel und finanziellen Problemen. 1864 zog das sanktgallische Lehrerseminar in Mariaberg ein. Erstmals wurde auch der berufspraktischen Ausbildung der Junglehrer Gewicht verliehen, wodurch die pädagogischen Grundlagen besser denn je vermittelt wurden. Im Laufe der nächsten Jahre durchlief Mariaberg zahlreiche Renovierungen, die sich auf die Bedürfnisse des Seminars bezogen. So wurde 1937 zum Beispiel eine freistehende Turnhalle im Südosten des Geländes errichtet und 1962 ein moderner Schultrakt mit Sporthalle und Aula.